上海应用技术大学档案馆成立于2001年3月，由原上海轻工业高等专科学校、上海冶金高等专科学校、上海化工高等专科学校档案室合并而成。它是学校档案工作的职能管理部门，是服务师生、校友和社会的档案信息业务部门，也是开展档案展览、校史研究和教育的文化机构。2006年10月，学校成立了档案工作委员会，同年12月，人事档案和学生档案并入档案馆统一管理。现下设综合档案室、人事档案室、学生档案室三个科室并负责校史馆的日常参观维护等工作。档案馆负责集中统一保管全校各种门类的档案，对全校档案工作进行全面规划、组织、指导和监督，同时开展服务利用和档案编研。全馆现有专职工作人员7人，其中1人具有高级专业技术职务，4人具有全日制研究生学历。建立了遍布全校各职能部门、学院（部）的档案工作负责人和兼职档案管理员网络，在学校档案的管理与服务中发挥着重要作用。

2010年8月，档案馆由徐汇校区搬迁至奉贤校区。档案馆新馆座落于风光旖旎的杭州湾之滨，位于奉贤区海泉路100号上海应用技术大学图书馆楼10楼，总建筑面积956平方米，其中库房建筑面积648平方米，库房配备了中央空调系统、视频监控系统、火灾报警联动系统和电子门禁系统。档案馆共有4个档案全宗，分别为上海冶金高等专科学校、上海化工高等专科学校、上海轻工业高等专科学校和上海应用技术大学全宗。馆藏档案始于1954年，截止到2023年底，馆藏各类档案共有112140多卷，机读目录56万多条。其中，上海应用技术大学档案全宗涵盖党群、行政、教学、科研、基建、设备、出版、外事、财会、声像、实物、专题、教工人事、学生档案14个大类，全面记录了上海应用技术大学的办学历程和办学成果。

目前，在学校党委、行政领导下，上海应用技术大学档案馆全体工作人员秉承“为党管档，为校守史，服务发展”的初心和使命，为建设成馆舍先进、功能完善、馆藏丰富、管理规范、利用方便的数字档案馆而努力。