各部门的文件经过分类整理之后，还要将文件组成案卷，称为立卷（也称组卷）。
一、归档案卷的整理
1.按照上海应用技术大学综合档案归档范围，对照收发文登记簿检查，将具有保存价值的文件材料收集齐全，剔除重复件。
2.按照文件之间的历史联系进行整理。（例如：贯彻有关政策、某项中心工作、一次会议、一个重大决定、请示与批复等形成文件的内在联系。）
3.每个案卷应有确切简明的标题，字数一般不超过50字。标题应包括：收发文机关、时间、问题、文种等要素。
收发文机关要用全称或通用的简称；问题应能清楚反映出案卷内所涉及的主要内容；文种是文件的种类（例如：决定、通知、报告、请示、批复等）；每卷卷首应有卷内文件目录、卷末应附备考表。
4.归档的案卷必须编制移交目录，一式二份，交接双方经过清点案卷，履行签字手续。
5.案卷文件页数一般不超过200页。一般提倡一事一卷。对同一问题文件数量多的可酌情适当分卷；问题单一而文件数量少者可组合卷。
6.科研、产品、基建、设备项目文件材料，根据文件材料形成规律，组成一题一卷或一题多卷，将最能反映项目概况的文件材料排放在全部案卷之首，其余项目文件材料按阶段依次系统整理组卷。
7.文件要留出适当的装订部分，一般以左边留出3公分左右为宜。
二、卷内文件的排列方法
1.批复件在前、请示件在后；正件在前、附件在后；正稿在前、签发核定稿在后；纸张大于A4纸的，以手风琴式折叠成A4的规格，使页码外露。
2.由单一问题组合起来的案卷，按时间顺序排列。
3.内含多个作者的案卷，先按问题集中，然后按重要程度结合作者、时间排列。
4.上级机关下发的需学院贯彻执行的文件排列顺序为：文件处理单、上级文件、执行情况。无执行情况的文件做资料保存。
5.学校内部的发文排列顺序为：正文、签发稿（如无改动，可只归签发单）。
三、组卷时还要注意文件时间、内容的针对性
1.一般文件放在形成年度。
2.跨年度的请示与批复，放在批复年度。
3.跨年度的会议材料、活动材料，放在结束年度。
4.长远规划放在针对的第一年度。
5.两年以上报告、总结、报表放在针对年的最后一年。
6.科研、基建、设备等分别归入鉴定、竣工、购买年度。
7.规章制度放在公布年度。
8.如果有未办理完毕的文件，可以酌情转入下一年度。
9.学生成绩放入毕业年度（学生毕业两年后成绩统一归档）。
四、组卷时还须注意的几点
1.同一卷内文件的类目、保管期限要尽可能相同。
2.组卷时必须检查每一份文件是否齐全，如发现缺少应查找补齐，若院外文件无法补齐，应在备考表上说明原因。
3.通报本单位的文件，本单位虽然没有写明调查材料，也要把上级通报放在本单位立卷。
4.如文件内容为各部门主要负责的工作、而以学校名义发的文件，也由各部门归正稿和签发稿。
5.各部门向党委、学校的请示、报告及相应的批复、批转的原件，由各主管部门立卷归挡。
6.检查每一份材料有否落款，落款是否符合归档要求。（包括部门、单位公章、起草人姓名，主管领导，定稿或签收发的年、月、日等。）
五、卷内文件的编号
卷内文件材料按顺序排列以后，装订前除案卷封面、卷内文件目录和备考表外，每份文件都要编顺序号，只要是有文字书写的文件材料，均应依次在非装订线一侧下角编页号。一张纸上贴几个文件，每个文件算一页。
六、案卷封面、卷内目录与备考表
1.案卷封面内容应包括：案卷名、档号、保管期限、卷内文件总页数；
2.卷内文件目录放在案卷的最前面，包括有顺序号、文号、责任者（形成该文件的单位或对该文件负有责任的署名者）、题名、日期、页号、备注等。
3.案卷的备考表放在全卷文件的最后，用来保护文件。备考表上应填写立卷人、检查人（立卷单位负责人）的姓名和立卷时间。检查人应对案卷质量进行审核。备考表还应注明必要的情况，便于保管人员和利用者了解。
七、案卷的装订
1.案卷在装订之前须去掉文件上的金属物（大头针、回形针等）。残破文件应当修补，全卷文件大小整齐（文件小的要贴补成A4纸大小）。
2.装订时用绳线勒紧结牢，采用“三孔一线”法装订，一律装订在左边，不能倒置、脱漏纸张，不要把字迹装订掉。
以上归纳的方法供各部门立卷人员在每年归档立卷时参考，如有情况变化则根据当时要求修改。
八、其它载体档案的归档方法。
1.实物档案
实物档案主要包括奖品、纪念品和礼品等。各部门、二级学院属集体所有的实物档案均为学校所有，应由学校档案馆统一保存和管理。属个人所有的实物档案，如本人愿意，也可交由学校档案馆保存。
实物档案自形成后三个月内须向档案馆办理移交、归档。若各部门有特殊需要，应将其先移交档案馆登记拍照，然后再办理借存手续。
2.声像档案
声像档案包括照片、电子文档、视频录像等。毕业生合影必须按规定的时间上交电子与纸质照片，其它类型一般以电子文档形式提交。上交的声像档案必须注写清楚主题名称、主要人物、主要场地及形成日期。